中生网|生物技术|生物网址|生物软件|实用工具 |本站导航

生物新闻

-

实验技术

-

软件教程

-

论文考试

-

肿瘤癌症

-

检验知识

-

仪器使用

-

健康知识

中生网 > 生物资讯 > 生物文摘 > 调控蛋白筛选新方法

调控蛋白筛选新方法

更新:2014年09月10日 阅读次数: 【字体:
很多研究人员在做课题都会碰到这些的问题:在研究的生命活动中,哪些蛋白是功能性的关键因子?这些关键基因的表达又受到哪些蛋白或者其它因子的调控?在整个信号通路中,又有哪些是整个信号通路的核心蛋白?这些问题都涉及到对转录因子或者调控蛋白的筛选。
传统地研究方法有两条思路:其一,使用芯片或者文库筛选等手段进行高通量筛选,然后逐个验证;其二,通过资料、文献或者生物信息学方法查找相关的转录因子,再通过实验验证。前者筛选面更广阔,出成果的几率较大;同时也有成本高,对样本要求高,实验繁琐耗时,假阳性多等缺点。更致命的是,通过高通量手段得到的数据经常过于庞大,对数据分析要求很高,经常得到不完整的蛋白质信息,给后续的研究制造了极大的困难。而后者更像是一种抓宝似的工作,需要一定的运气,也需要付出更多的精力。
调控蛋白筛选新方法美国Signosis推出一种筛选转录因子的新方法——转录因子活性微孔板芯片检测,可以对常见的96 /48种转录因子进行筛查。避免了大规模筛查带来的数据分析难的尴尬,非常有利于后续研究工作的开展。该方法利用转录因子与特定DNA序列结合的特点,针对每一种转录因子设计相应的生物素标记探针;当混合探针与核蛋白样本共同孵育时,探针与相应的转录因子结合形成转录因子/探针复合物;除去游离的探针,收集转录因子/探针复合物;分离复合物中的DNA探针,探针的量与转录因子含量呈正相关。(原理如图)
这种方法有其固有的优势。第一,精选的靶标转录因子都是在生命活动中发挥重要作用的关键蛋白,实验目的明确。第二,所选的转录因子有研究基础,后续研究有更方便;把前人的研究基础与现有的研究背景相结合,更容易发表文章。第三,由于运用转录因子与DNA结合的原理,检测到的转录因子都是具有活性的调控蛋白。第四,整体设计简单、高效,操作流程简单,可以自行操作。第五,结果数值化呈现,更客观,方便做样本之前的比较。
因为其突出的优势,在美国使用者众多,发表很多SCI文章。选取了四篇,供大家参考:
1) GC-Targeted C8-Linked Pyrrolobenzodiazepine–Biaryl Conjugates withFemtomolar in Vitro Cytotoxicity and in Vivo Antitumor Activity in MouseModels. Rahman KM, Jackson PJ, James CH, Basu BP, Hartley JA, de laFuente M, Schatzlein A, Robson M, Pedley RB, Pepper C, Fox KR, HowardPW, Thurston DE. J Med Chem. 2013 Apr;56(7):2911-35.
2) The role of SIRT6 protein in aging and reprogramming of humaninduced pluripotent stem cells. Sharma A, Diecke S, Zhang WY, Lan F, HeC, Mordwinkin NM, Chua KF, Wu JC. J Biol Chem. 2013 Jun;288(25):18439-47.
3) Zinc regulation of transcriptional activity during retinoicacid-induced neuronal differentiation. Morris DR, Levenson CW. J NutrBiochem. 2013 Sep. pii: S0955-2863(13)00126-5.
4) Trolox contributes to Nrf2-mediated protection of human and murineprimary alveolar type II cells from injury by cigarette smoke. MessierEM, Bahmed K, Tuder RM, Chu HW, Bowler RP, Kosmider B. Cell Death Dis.2013 Apr;4:e573.

关键词:
相关栏目:生物资讯 生物文摘
 以下是对 [调控蛋白筛选新方法] 的评论,总共:0条评论
相关文章
    中生网-生物软件-生物技术-生物网址-实验技术-本站导航-联系我们-收藏本站
    ©中生网-提供生物软件免费下载,生物实验Protocol,生物网址导航。
    Copyright (C)2005-2014 www.seekbio.com All Rights Reserved.