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中生网 > 生物资讯 > 科研进展 > 科学家建成最完整生命树

科学家建成最完整生命树

更新:2015年10月04日 阅读次数: 【字体:

 

 

这个生命之树的循环视图并不包括所有的提示,只是500多种与其相关的分支。

图片来源:OpenTreeofLife.org

想知道自己与一条鲸鱼有什么关系吗?或是一只变形虫?现在你终于可以实现这个愿望了,这多亏新发布的“开放生命之树”,它将超过500类不同生物体的系谱图编织在一起,从而创造了一棵涵盖230万个物种的“超级树”。

研究人员已经开始用这些新的数据更好地理解地球上的生命。并未参与该数据库建设的英国伦敦帝国学院计算生物学家James Rosindell指出:“我们在生物学中研究的任何事物都能够在这棵生命之树上找到自己的位置。”他说:“这是非常重要的,科学家终于制造出了一棵完整的树。”

在过去的3年中,来自11个美国实验室的35位研究人员,花费了约10万小时对系谱图的科学文献进行了提炼。他们不得不解决命名的问题——有时一个物种会有多个名称,而且一度一只针鼹与一条海鳗共享相同的名字,从而使计算机产生了混淆。这项研究的合著者、盖恩斯维尔市佛罗里达大学进化生物学家Douglas Soltis表示:“如果没有被数据库接受的名称,研究人员将不得不想出一个新的名称。”

Soltis和他的同事曾以为将这些不同的系谱图整合在一起——它们通常都是不一致的——将是最困难的工作。然而真正让研究人员感到头疼的却是缺乏数字化的数据。

在2000年至2012年间发表的7500棵家族树中,只有六分之一是经过电脑处理的。帮助协调这项工作的北卡罗来纳州达拉莫市杜克大学进化生物学家Karen Cranston说,最终研究人员使用约500棵小树构建了一棵大树。Cranston表示,日前在美国《国家科学院院刊》网络版上发表的草图树具有相对较小的样本量,“并不能概括我们所知道的全部信息”。

但Cranston强调,这一家族树的网站包含了能够检索到原始研究的链接,从而为研究人员提供了更多选择。此外,这个网站将能够接受用户的反馈并纳入新的数据,这些最终将被用于更新家族树。Cranston说:“我们希望这棵树在1年后看起来会非常不同。”

与此同时,Rosindell与牛津大学自然历史博物馆进化生物学家Yan Wong已经改进了之前由他们研发的一个计算机工具,从而帮助人们“看清”这棵树。

这个所谓的OneZoom工具就像谷歌地图一样,用户可以向下钻取一棵树的树干、树枝和尖端,从而看到更精细的细节。在一个视频中,OneZoom工具从对一棵树的概述出发,然后放大到越来越细致的分支,从而过渡到最早的动物,然后是有胎盘的哺乳动物,最后是人类。

对于这棵树,Wong使用的不仅是“开放生命之树”的数据,而且还有其他他认定为重要研究中的数据。

“开放生命之树”协调人、安阿伯市密歇根大学进化生物学家Stephen Smith表示:“这是一个很酷的可视化工具。”他希望有更多的数据能够得到修改。如果你能把它和其他数据结合起来,例如,“你可以建造自己的生命之树”。(来源:中国科学报 赵熙熙)

关键词:进化,生命树
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