一、早期检测
1、PS（磷脂酰丝氨酸）在细胞外膜上的检测
2、细胞内氧化还原状态改变的检测
3、细胞色素C的定位检测
4、线粒体膜电位变化的检测
二、 晚期检测
1、TUNEL
2、LM-PCR Ladder （连接介导的PCR检测）
当凋亡细胞比例较小以及检测样品量很少（如活体组织切片）时，直接琼脂糖电泳可能观察不到核DNA的变化。CLONTECH公司的ApoAlert?LM-PCR Ladder Assay Kit通过LM-PCR（ligation-mediated PCR），连上特异性接头，专一性地扩增核小体的梯度片段，从而灵敏地检测凋亡时产生的核小体的梯度片段。此外，LM-PCR 检测是半定量的，因此相同凋亡程度的不同样品可进行比较。
上述两种方法都针对细胞凋亡晚期核DNA断裂这一特征，但细胞受到其它损伤（如机械损伤，紫外线等）也会产生这一现象，因此它对细胞凋亡的检测会受到其它原因的干扰。
3、Telemerase Detection （端粒酶检测）
三、mRNA水平的检测
用定量PCR技术来检测基因表达水平。
