在使用多孔板的细胞培养中，周边孔的细胞生长情况和实验数据常常和其他孔有系统误差，这种现象统称为边缘效应。在很多大规模药物筛选实验中，人们甚至弃去周围孔，不用于实验。
引起边缘效应的原因有多种，其中最常见的也容易明白的是周边孔水份挥发比其他孔多而导致的系统误差，这在四个角上的孔中尤其明显。对于这个问题目前没有根本的解决办法。不过可以采用少开培养箱从而保持培养箱中的湿度等办法来减轻。
另外一个不容易解释的边缘效应是，在周边孔中的细胞会集中在孔的外侧，如下图所示（孔内白亮的为细胞集中的区域）。这种现象在实验中常用的96孔板中十分明显。由于大多细胞的生长会受周围接触细胞的抑制，所以这种边缘效应导致边缘孔内细胞平均生长速度要比其他孔来得慢，从而在实验过程中引入系统误差。这种边缘效应是由于在室温下的培养板转移到37℃培养箱后，培养板上产生的温度差影响细胞沉降引起的。所以这种解决边缘效应的一个简单有效的方法，就是在培养板内分入细胞后，在室温下放置1-2个小时，让细胞在没有温度差的情况下沉降并贴附，然后再转移到37℃培养箱内。该方法至少适合CHO等在室温下能贴壁的细胞。
