克隆成功与否除与连接方式以及载体选择有关外，载体的处理也是一个重要环节。为了提高连接效率，处理载体时应注意以下几点：
1.应加入常用量5～10倍的内切酶水解载体，以保证载体被完全酶切；
2.如用双酶切割载体，则必须电泳回收载体片段，除去双酶切所产生的小DNA片段；
3.如粘端连接，单酶切处理过的载体必须用碱性磷酸酶(如牛小肠碱性磷酸酶，CIP)处理，防止载体自身环化。CIP可以水解掉DNA5末端的磷酸。对于3末端突出的DNA水解，需用10倍于5末端突出DNA的CIP进行去磷酸化，以达到最少的载体自身环化。
去磷酸方法如下：
1.DNA加入10倍去磷酸化缓冲液，5端突出的DNA，每100pmol 5磷酸基团加入1个单位的CIP，37℃反应30分钟。平末端或3端突出的 DNA，每2pmol 5磷酸基团加1个单位CIP，37℃保温15分钟后，再加CIP，55℃反应45分钟(2μg 5kb的线性DNA约含14pmol左右的5磷酸基团)；
2.加入SDS、EDTA(pH8.0)和蛋白酶K分别至终浓度05%、 5mmol/L和50μg/ml，混匀后56℃反应30分钟；或加EDTA(pH8.0)至终浓度为5mmol/L，65℃保温1小时或75℃，10分钟灭活CIP；
3.冷却至室温后，加入等体积酚/氯仿、氯仿分别抽提一次；
4.乙醇沉淀，离心，抽干，溶于无菌去离子水，浓度最好为100μg/ml，-20℃保存备用。
10倍CIP去磷酸化缓冲液：10 mmol/L ZnCl210 mmol/L MgCl 2100 mmol/L Tris·HCl，pH8.0。
