一．基因组DNA的片段化
（l）利用限制酶片化基化基因组DNA的一般问题
鸟枪法（shotgun approach）：利用限制酶消化给体基因组DNA。这种消化产物，不经过凝胶电泳分部分离．就直接用来同载体分子作连接反应的克隆方法。前提是待克隆的给体材料是双链的基因组DNA。这个方法最明显的缺点是，所形成的重组体分子，实际上是一群带有大小不同的插入片段的重组体的混合群体，筛选工作量大。
目的基因的核苷酸序列中，对所采用的限制酶可能会存在着一个甚至数个识别位点。就必须同时分离好几个克隆，才有可能获得目的基因的全序列。
此外，应用限制酶消化法片段化的基因组DNA进行克隆，还会因某些限制片段的分子量太大或太小的缘故，而出现不能被克隆的情况。
选择用于产生 DNA克隆片段的限制酶，还必须考虑到它对DNΑ序列应该具有最佳的识别位点分布规律。
（2）基因组DNA的双酶消化策略
1978年，T．Maniatis等人提出了利用两种限制酶混合消化基因组DNΑ的实验策略。应用这种方法可以获得适于克隆的随机片段化的DNA群体。他们所选用的均是具有4个核苷酸识别位点的核酸内切限制酶，因此对基因组DNA具有较高的切割频率。
二．DNA片段的大小分部
在克隆之前，先对片段化的给体DNA群体进行按大小的分部分离，会明显地提高克隆基因的分离频率。
通常是使用琼脂糖凝胶电泳或蔗糖梯度离心进行DNA片段的分部分离。采用琼脂糖凝胶电泳分部分离技术，可以在很窄的范围内获得高纯度的某种DNA片段，或是大小相近的DNA片段。
三．编码目的基因的克隆片段的富集
经限制酶消化的基因组DNA制剂，通过凝胶电泳或蔗糖梯度离心之后，不同长度的DNA片段便会按大小顺序彼此分开。根据事先已测定的编码目的基因的克隆片段的分子量大小．从电泳凝胶的相应谱带上成蔗糖梯度的相应部位中，收集DNA片段，于是便达到了富集目的基因DNA片段的要求。
应用这些方法富集目的克隆片段，有一个基本的前提，那就是被克隆的目的基因的全序列，必须是位于一条DNA片段上，而不是分布在彼此交叠内的种片段上。因此，随机片段化的DNA是不适用于这种方法的。
