二．物理检测法
（1）凝胶电泳检测法
质粒DNA的电泳迁移率是与其分子量大小成比例的。因此，那些带有外源DNA插入序列的分子量较大的重组体DNA，在凝胶中的迁移速度，就要比不具有外源DNA插入序列的分子量较小的质粒DNA来得缓慢些根据这种差别，就可以容易地鉴定出哪些菌落是含有具外源NDA插入序列的分子量较大的重组质粒。
（2）R-环检测法
在临近双链DNA变性温度下和高浓度（70%）的甲酰胺溶液中，即所谓的形成R-环的条件下，双链的DNA-RNA分子要比双链的DNA-DNA分子更为稳定。因此，将RNA及DNA的混合物置于这种退火条件下，RNA便会同它的双链DNA分子中的互补序列退火形成稳定的DNA-RNA杂交分子，而使被取代的另一链处于单链状态。这种由单链DNA分支和双链DNA-RNA分支形成的“泡状”体，叫做R-环结构。R-环结构一旦形成就十分稳定，而且可以在电子显微锐下观察到。所以，应用R-环检测法，可以鉴定出双链DNA中存在的与特定RNA分子同源的区域。
三．菌落或噬菌斑杂交筛选法
将被筛选的大肠杆菌菌落，从其生长的琼脂平板中小心地转移到铺放在琼脂平板表同的硝酸纤维素滤膜上，而后进行适当的温育。取出已经长有菌落的硝酸纤维素滤膜，使用碱液处理，使 DNA变性。然后再用适当的办法处理滤膜以除去蛋白质，留下的便是同硝酸纤维素滤膜结合的变性DNA。变性DNA同硝酸纤维素滤膜有很强的亲全力，这样便形成了菌落的“DNA印迹”。在80℃下烘烤滤膜，以使DNA牢固地固定下来。将这些滤膜同放射性标记的DNA或RNA探针杂交，并通过放射自显影检测杂交的结果。含有同探针互补的DNA的菌落，在X光底片上呈现黑色的斑点，通过同原培养基平板上菌落位置的对照，挑选出阳性菌落，便是我们所需要的含有目的基因插入片段的重组体克隆。
四．免疫化学检测法
直接的免疫化学检测技术，同菌落杂交技术在程度上是十分类似的。它是用抗体鉴定那引起产生外源DNA编码的抗原的菌落或噬菌斑。只要当一个克隆的目的基因，能够在大肠杆菌寄生细胞中实现表达，合成出外源的蛋白质，就可以采用免疫化学法检测重组体克隆。
免疫化学检测法可分为放射性抗体测定法（radioactive antibody test），和免疫沉淀测定法（immunoprecipitation test）。这些方法最突出的优点是，它们能够检测不为寄主提供任何可选择的表型特征的克隆基因。
