CDS的英文展开是coding sequences （编码区）。
ORF是理论上的氨基酸编码区，一般是在分析DNA核酸图谱中（主要是利用电脑程序）得到的。程序会自动在DNA序列中寻找启动因子（ATG或AUG），然后按每3个核酸一组，一直延伸寻找下去，直到碰到终止因子（TAA或TAG）。程序把这个区域当成ORF区，认为理论上可以编码一组氨基酸。
但问题是，在一个整体核酸序列中寻找ATG并不靠谱。因为寻找到的ATG很可能是两个氨基酸编码片段的尾和头的混合体。比如AACGCATGCAGC。
看上面这个小序列，如果以T为中心，会有三种编码组合的可能。即
（1）ATG（T在中心）电脑程序发现的启动因子的组合
（2）CAT（T在最右侧）
（3）TGC（T在最左侧）本例中实际核酸编码的组合。
这就是ORF三种框架的来源。实际上，DNA序列可以按六种框架阅读和翻译（每条链三种，对应六种不同的三联密码子）。
所以，我们说ORF只是理论上的编码区，与真实的情景可能并不一样。
而CDS是检查cDNA后得到的编码组合序列，和实际情景比较接近。
