食用低纤维、高糖的“西方”饮食的儿童的消化道内细菌可能与食用富含纤维的儿童不一样，前者或使增加西方儿童的肥胖和过敏疾病的风险。
Paolo Lionetti及其同事比较了来自非洲农村村庄和生活在意大利佛罗伦萨的儿童的消化道细菌，结果发现非洲儿童的与成年肥胖有关的微生物比例更低，而且拥有的已知可以预防炎症的脂肪酸更丰富。非洲儿童的饮食可能类似于农业诞生之后不久的人类饮食，主要由谷物、豆类和蔬菜组成，而意大利儿童食用更多的肉、脂肪和糖。
研究人员认为，只有那些仍然接受母乳哺乳的儿童的细菌组成，类似于来自其他地理群体的儿童，这表明饮食可能比其他因素（如民族、卫生设施、地理与气候）更占据支配地位。在人类消化道内生活的数以万亿计的微生物被认为是帮助消化食物、预防病原体并限制炎症的关键“器官”。工业化国家的常见饮食可能减少微生物的丰富性，这很可能与过去半个世纪的过敏症和炎症疾病的增加有关。
