现在针对某种特定疾病药物开发的方法五花八门，但是如何提高其疗效减少其毒副作用却是新药开发的重要原则，所以在新药开发之前，预测一种新药的毒副作要是重要的。
在新药开发前期的筛选过程中就要注意观察动物模型的各种反应；掌握产生药效剂量的大小；对于化药：分析其理化性质，比如溶解度、溶出速率、油水分配系数等与吸收、分布、排泄有关的特性，以便初步推测其药代特征；在某些情况下还可与已知构效关系的药物进行比较，以推测其可能具有的药理毒理作用。
在临床前药理毒理研究期间，尤其是药代动力学结果来判断其毒性靶器官，并在毒理研究中关注靶器官的病理学变化，同时结合其它药理试验来衡量对患者的效益与风险比。
此外，我认为在开发前期进行一些有目的的小规模药理毒理预试验有时会事半功倍，往往能发现一些有价值的线索。
在没有做/或没有条件做动物实验前，对与现有化学物质构效关系相近的某类药物的毒副反应的统计归纳，从而可以大致估计现有药物可能的不良反应，适用于已知结构的物质。
对结构未知的中药单方/复方制剂，本人认为可以从以下几点着手：
1. 根据中医理论，我如果没理解错的话，药性都各有偏性，这种偏性就是“毒”。中药治病的机理是以药物的偏性（比如寒凉温热）来纠正机体的失衡，从而使人体机能达到平衡。一味中药往往有多种药理作用，即偏性。将它与其它药物配伍后，只是取其某个方面的药理作用，而其他方面的作用就成为了我们不希望看到的毒副反应。比如我们知道附子大热，用在益肾灵颗粒有温肾壮阳的功效，但同时对其它器官，比如心脏的也会有强烈作用，能引起心率加速/变缓，心脏骤停等不良反应。再比如种子类药材含脂肪高，如果不是用来润肠治疗便秘的话，我们会发现大多有致泻的副作用，——因此以中医药理论为指导，根据药物（指中药）的不同偏性，能大体推测中药可能会产生的毒副反应。
2.充分分析利用各地的不良反应报告，同时多作文献调研。通过已有资料预测现有药物的可能的毒副反应，我们一般都会自觉或不自觉的这么去做的。当然，这些都只是预测，需要药理毒理实验印证。一切以数据说话。
新药临床前毒理实验，我觉得先用大鼠等合适的实验动物，先在清醒状态下给药，以获得其清醒状态下的最大耐受剂量，即最小中毒剂量，根据这个剂量判断此新药是否具有开发价值，这个应该属于急性毒理的范围。判断毒性靶器官，就要测定该药的药代动力学各项指标，以及不同时间点各个器官采血的药物含量情况，可结合高效液相测定具体数值。
预测不如预试，首先要重视小动物急毒预试，通常只观察动物的致死情况。如在急毒中加测动物重要脏器病检（心、肝、肺、肾）、脏器系数（心、肝、肺、肾、脾、胸腺），就可获得许多重要信息。一般观察对作用于中枢的药极有帮助，这都是急毒试验中可捡来的指标）。如加测小鼠心血图、大鼠血压，可获得对心血管系统的大部分毒性反应信息。急毒中如动物急性死亡（数小时内），一般涉及到中枢作用、心血管作用和对呼吸系统的影响，如动物死亡在24 h以上时、肝肾毒性的可能性较大。
利用现代生命科学技术和计算机、信息学和毒理学的新进展，研究三致试验、反复给药动物一般毒性试验、生殖毒性试验的新方法和新模型，建立符合国际规范的器官、组织病理评价系统；研究适合国际上近年来出现的新型药物如基因治疗、转基因药物的临床前安全评价模型和方法；研究毒代动力学关键技术，跟踪国际毒代动力学前沿新技术，完善一类新药的临床前安全评价。以上措施将预测和降低新药的毒副作用。
关于药物药物的毒副作用，从我自己理解的角度谈一谈：首先，每一种药物的研究和开发都应进行安全性试验，也就是我们的药品册管理办法上所说的四期临床试验的第一期试验。此期临床试验对于一种新药至关重要，尤其是一类新药。
其次，在新药开发的监测期是非常重要的，也就是每一种新药在应用的过程中都有三到五年的监测期，看是不是对病人有什么别的不良反应。
最后，对于动物的模型研究也是很重要，但对于主要药效学比较研究的比较多。
