参考文献管理软件又叫书目管理软件。在现今信息爆炸的年代，全世界的研究人员和科学家比以前更多了，加publish-or-perish的游戏规则，促使研究报告和期刊的数目暴增，因此当代的科研人员越来越犹如恒河沙数的资料一一阅读完。辛苦的检索完CD-ROM，再把相关的研究报告看一遍，当文献知识积累到一定程度后，仅仅靠大脑记忆很辛苦，也不可靠，阅读文献时产生思考的结果不能即时，有效的与文献本身联系起来。写研究报告引用时又要大费周章人工输入：文中注释，文后参考文献列表，都需要大量引述。逐一录入也是既沉闷又易出错，苦不堪言。用文字处理软件的copy paste，虽然快速，却仍不能处理不同期刊要求不同引用格式的问题。参考文献管理软件是解决这些困扰的利器。
二．NoteExpress参考文献管理软件的主要功能
文献的标题及相关摘要,关键词等信息即通常所说的文献，在NoteExpress中称为题录（Reference），存储在Library下的References文件夹。做题录库，一方面是为了在写作时，能即时插入需要的题录作为文中注释，而不要写作时才一一翻检并且逐个输入；另一方面，多数文章看摘要，少数文章看全文是一种良好的科研习惯，可以节约科研工作者的宝贵时间。以后的教程中，书目也称为题录（Reference）。在NoteExpress中，通过给题录添加附件的方式管理参考文献的原文。
1．建立并维护个人的题录数据库
用户通过手工输入，批量导入或在线图书馆，文献数据库批量下载后，就开始在NoteExpress中建立并维护个人的参考文献(Reference)数据库或者说题录库。用户可以按字段进行检索，例如用关键词、作者、标题等以布尔逻辑查询记录，并有数据库的一般管理功能如排序、增删记录等。这种个人研究领域的文献数据库，无论在写研究报告要引用、翻查文献记录的书目数据、或上课开书单均很方便。在累积至很多笔记录时，与查CD-ROM无异，可以通过浏览题录标题，关键字，摘要了解研究方向的最新动态，各方观点等。NoteExpress性能优异，目前数据库能够管理的参考文献数是同类软件中最多的，百万量级的数据可以轻松管理。
2．在Word中自动生成论文的参考文献格式化索引
参考文献管理软件能减轻排版工作量、加快产生研究报告的速度。在编辑器（比如MS Word）
中NoteExprss可以按照各种期刊杂志的要求自动完成参考文献引用的格式化-------完美的格式，精准的引用将大大增加论文被采用的几率。同一篇论文可以按照多家期刊的格式要求多次输出，需要做的仅仅就是按一个按钮，而不需要手工重新调整参考文献(Reference)列表格式。
3．随时记录思想火花，与当前研究方向联系起来
除了管理显性的知识外，类似日记，科研心得，论文草稿等瞬间产生的隐性知识也可以通过NoteExpress的笔记功能进行记录，并且可以通过笔记与某个题录建立链接的方式联系起来，方便以后查询和阅读。
4．个人知识管理
笔记以及附件功能，全文检索等,使该软件可以管理硬盘上的所有文件，可以作为强大的个人知识管理系统；数据挖掘，可以帮助您了解某些学者的所有著作，某个研究方向的各种观点比较等。比如搜索后自动形成某个专题的题录，资料列表，然后可以将搜索结果保存，供研究某个专题时使用等。
三．参考文献题录的输入
手工建立题录
步骤如下：
1) 选中软件主界面Library 下的 “References”文件夹或下级文件夹（取决于您想让新建的题录出现的位置）。
2) 选择主菜单上的【题录】，下面有【新建题录】子菜单，点击该子菜单就创建了一个新的题录。
注意：如果在步骤1)中没有能够选中References文件夹或下级文件夹，主菜单上不会出现【题录】菜单项。
也可以在当前题录列表上点右键，选择弹出菜单的【新建题录】来新建题录，如下图所示：
作者的格式为：姓名1；姓名2；…… 。多个姓名之间用分号隔开。中文作者的姓与名之间不要留空格，这样当格式化输出时才会按照您希望的格式输出。题录类型要准确，如“期刊文章”、“书”、“学位论文”等等。手工录入是最无奈的作法，稍后我们介绍如何批量导入题录。
文献数据库检索结果批量导入
国内的维普，万方，CNKI,国外的PubMed，wiley,ScienceDirect等全文数据库厂商都发布其数据库的题录文件，或者可以通过在网站上检索后，直接导出题录。这些题录数据可以批量导入到NoteExpress数据库中供研究时使用。
下面我们将以CNKI,PubMed为例介绍批量倒入题录(Reference)的方法。
CNKI题录(Reference)批量导入步骤：
通过这个网址进入CNKI http://dlib.cnki.net/kns50/classical/singledbindex.aspx?ID=1
1. 输入关键词检索后，打勾选中自己感兴趣的搜索结果，然后点击网页右上方“存盘”按钮，在之后显示的页面上选中“自定义”，然后选择自己感兴趣的多个字段， 再点击“预览”按钮，全选(Ctrl+A)，复制(Ctrl+C)；
2. 通过菜单【文件】-->【导入题录】 进入NoteExpress的“导入”界面，选中“来自剪贴板”；
3. 点“选择”按钮,选择相应的过滤器“CNKI5.0”,双击该过滤器或者再点"确定"按钮，返回“导入”界面；
4. 导入
PubMed题录(Reference)批量导入步骤:
与CNKI的题录导入过程类似。
1） 地址: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?CMD=Display&DB=pubmed
2） 输入检索关键词,比如 “Aegean”；
3） Display 后面选择“MEDLINE”,之后选择“Send To”---->TXT(或者File)；
4） 如果选择的是TXT,直接通过键盘“Ctrl + A”,“Ctrl+ C”,复制到剪贴板；
5） 打开NoteExpress的题录导入, 点"选择"按钮,选择过滤器为"PubMed"；
6） 点“导入”按钮.
从外部文件批量导入步骤：
如果上述（如CNKI）检索结果从剪贴板保存到记事本或者直接输出为文件，则需要从文件中导入题录。从文件导入题录步骤如下：
1. 点击菜单【文件】--->【导入题录】；
2. 在导入窗体中点击 “【浏览...】” 按钮，选择硬盘上存放题录文件的文件夹；
3. 如果了解将导入的题录信息以哪种格式组织（一般著名数据库厂商均提供固定格式的题录，亦有相应题录格式名称），可以点击“选择”按钮，打开导入过滤器窗体进行选择。
4. 点击”文件夹”后面的组合框，选择导入后的题录信息存放位置。默认的存放位置为“References”文件夹。
5. 点击“导入”按钮开始导入题录。如果想放弃本次操作，点击“取消”按钮。
在同类软件中，目前NoteExpress的导入速度最快。
“过滤器”的概念及其制作，安装，使用过程
过滤器，顾名思义，用来“过滤”数据的东西。为什么要“过滤”？因为不同来源的数据有不同的安排格式，比如软件的题录类型有“期刊文章”类型，但是我们面对的三个来源的题录数据文件可能：
第一种：
SO- FEBS letters, Vol.10, Iss.5, pp.100-120, 2005
第二种：
JN- FEBS letters, Vol.10(5):100-120, 2005
第三种：
Journal: FEBS letters:10(5):100-120, 2005
这三种格式对期刊名，卷，期，页码及年的定义格式都不一样，但是软件的“期刊文章”题录对于这几项内容的格式都是一致的。相对于软件中数据的“有序”，原始数据就是杂乱“无序”的。
要把这些“无序”的数据按一定的规则，自动的准确无误的添加到软件规定的地方，才能更好的发挥文献管理软件的功能。而对每个来源的数据，按照它的自身格式给它制定的这种规则，就是过滤器。 软件通过过滤器，将过滤后的“有序”数据保存到文献管理软件中。
当选用不当的过滤器时，会导致有用的信息丢失，数据导入的地方出错（如把卷信息导入到期等等），最终造成麻烦。
一般常用的数据源，NoteExpress都有对应的过滤器，使用过滤器时，请严格按照过滤器中的说明进行数据操作，如果保存的数据不是安装规定的方式得到时，可能过滤器不认识你的
数据，造成导入失败。
技巧：
一般外文数据库保存题录时，请选择RIS格式、Endnote格式或者Tagged file的输出方式，再选NoteExpress的Refman-(Ris)这个过滤器导入数据，多数情况下可以解决问题。
