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Blast验证引物图文教程

更新:2010年06月10日 阅读次数: 【字体:

7. 等待若干秒之后,自动跳转出现显示BLAST结果的网页。该网页用三种形式来显示blast的结果。

(1)图形格式:

Blast验证引物图文教程

图中①代表这些序列与引物匹配的得分值小于40分,图中②代表这些序列与引物匹配的得分值位于40~50分,图中③代表这些序列与引物匹配的得分值位于80~120分。分值越高,特异性越好。线段代表上或下游引物,其颜色和上面对照后就可得出该条引物的分值。

图中两线段间有连线的代表这些序列与上游引物匹配(Strand=Plus/Plus)、并与下游引物互补(Strand=Plus/Minus),理论上可以扩增出基因片断。没有连线的,表示单条引物与该基因一致。

点击线段,就能跳转到该基因的结果信息概要。

(2)结果信息概要:

Blast验证引物图文教程



Accession、数据库系列的身份证:点击之后可以获得该序列的信息;Desscription、系列的简单描述;Total score高的就是有两线段间有连线的,如图划线的。E value:代表被比对的两个序列不相关的可能性。

【The E value decreases exponentially as the Score (S) that is assigned to a match between two sequences increases】。E值最低的最有意义,也就是说序列的相似性最大。设定的E值是我们限定的上限,E值太高的就不显示了。E、最后一栏有的有UEG的字样,其中:
U代表:Unigene数据库,E代表:GEO profiles数据库,G代表:Gene数据库。

(3)结果详细信息:

Blast验证引物图文教程


 
划线上代表上游引物与该序列的正链【Plus/Plus】的匹配情况:
划线下代表下游引物与该序列的负链【Plus/Minus】的匹配情况:
共有20个碱基匹配,得分40.1分【20×2+0.1=40.1】,E值为0.077。

为什么与上下游引物匹配的ABCG2序列有多种?
A、 为同一个基因来源的不同的mRNA片段
B、 为该基因的DNA系列
C、 为同一个基因来源的不同的cDNA克隆片段。

结果判断:

①验证文献报道的引物是否正确:如果你可以在所显示的结果中找出你的目的基因,一般说明你的引物正确性没问题。如果你blast后没有发现你的目的基因,或者分值很低,该引物就可能不适合用。

②检测该对引物是否可与其它序列匹配,引起PCR的非特异性扩增。如果找到了你的目的基因名称,而且找到了一大批同物种的不同基因,(上下游引物分别搜索到相同的基因),而且分数也较高。这时表明你的引物设计的特异性不高,极有可能在你的扩增产物中出现非特异性产物。

关键词:验证引物 Blast
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