定向蛋白质组学（Targeted proteomics）是指通过质谱技术快速检测目标蛋白的技术，该技术灵敏度高、重复性好。
目前，常规的“鸟枪法（shotgun）”蛋白质组分析方法是首先将蛋白混合物消化成肽片段，然后进行自动化串联质谱分析。理论上说，这种方法可以发现样品中的所有蛋白，但实际操作中，鸟枪法极具挑战性，且需要消耗大量资源。不过，对多数实验类型来说，研究人员的目的并非要发现新蛋白，而是想了解在不同条件下数量相对较少的那部分蛋白的变化情况。
针对这些研究目的的实验和定向方法，诸如选择反应监测（SRM）或多反应监测（MRM）则能提供灵敏度更高和速度更快的分析。尽管开发和验证SRM分析是一个漫长的过程，但一旦建立了针对某种蛋白的SRM，就能在复杂的生物样品中对该种蛋白进行准确定性与定量分析了。
其实SRM方法许多年前就出现了，但直到最近它才在蛋白质组学领域初试牛刀。瑞士苏黎世联邦理工学院（ETH）分子系统生物学研究所的Ruedi Aebersold教授等人在推动这项技术发展上功不可没。今年，他们在《细胞》（Cell）杂志上发表文章，指出应用SRM定向蛋白质组学方法能扩大细胞内蛋白水平的检测范围，靶蛋白的检测灵敏度可提高至50个拷贝/细胞，这种表达水平的蛋白用普通方法是无法检测的。在近期的《自然-方法》（Nature Methods）杂志上，Ruedi Aebersold小组还展示了廉价的粗制合成的肽段库也可用于SRM分析的高通量开发技术。此外，多个实验室的合作研究表明SRM分析在多个不同实验室之间具有可重复性。
尽管要建立一个全蛋白质组的SRM分析数据库还任重道远，但是此领域的快速发展使我们相信高通量、超灵敏的蛋白检测终将实现。
