大肠杆菌（学名：Escherichia coli，通常简写为E. coli）)是人和动物肠道中最主要和数量最多的一种细菌，主要寄生于大肠内。是一种两端钝圆、能运动、无芽孢的革兰氏阴性短杆菌。除某些菌型能引起腹泻外，一般不致病，能合成维生素B和K，对人体有益。
其属名埃希氏菌（Escherichia）来源于其发现者Theodor Escherich。大肠杆菌是肠杆菌科的一员，经常作为细菌的模式生物广泛用于科学研究。
每个人每天平均从粪便中排出1011到1013个大肠杆菌。各种粪便细菌和类似的生活在土壤或植物降解物中的细菌（最常见的是产气肠杆菌，学名Enterobacter aerogenes）一起被归为“大肠菌群”。技术上，大肠菌群被定义为所有好氧或兼性好氧。
大肠杆菌是现代生物学中研究最多的一种细菌，作为一种模式生物，其基因组序列已全部测出。用分子生物学方法在大肠杆菌得出的结论可用于其它生物的研究。此外，在生物工程中，大肠杆菌被广泛用于基因复制和表达的宿主。
大肠杆菌的一个株是具有某些能和其它柱区分开的特征的族群。不同的大肠杆菌菌株生活在不同动物中，因此我们可以通过其判断粪便来源于人或者鸟类等。通过突变，新的大肠杆菌菌株不断出现，其中一些可能对宿主动物造成损害。尽管对于大多数健康成年人，这样的菌株可能只引起一场腹泻，或者根本没有症状，但对于幼儿、大病初愈的人或者进行某些药物治疗的人来说，陌生的菌株可能引起严重疾病甚至死亡。大肠杆菌O157:H7就是一个毒性很强的菌株。
一个大肠杆菌的自白（作者：杨延丽）
没有芽胞度过逆境，
没有荚膜作为防御，
我是一个快乐的大肠杆菌；
不怕生活的任何打击，
不怕未来的任何际遇，
我有质粒赋予我的抗性。
烦恼和抑郁随转座子而去，
快乐随质粒转化入我的身体，
坚韧和毅力像溶源型病毒,
整合到我的基因。
给我一点IPTG ,
诱导我的美丽心情；
或者来个SDS-PAGE,
让你寻找我的足迹，
溴酚蓝就是我前进的指示剂，
再给你个bandscan，
计算我快乐的百分比。
时间像示数越来越少的计时器，
有一天我也会来到衰退期。
4℃冰箱里到底能有多久的保存期，
即使死去也要留下我的质粒。
不要敲除我的快乐基因，
我不想双交换谁的任何情绪，
对生活的热情是提供我原动力的ATP。
在LB培养基中我自由的游弋，
表达我的幸福基因。
