ETSTools

广西大学生命科学与技术学院 广西亚热带生物资源保护利用重点实验室　编写

 ESTtools是EST数据库建立系统辅助软件，可大批量的将原始序列转换为FASTA格式，大批量的将Blast软件分析结果中大量的基因注释项提取出来，将目标序列从序列库中提取出来等。以Microsoft Visual Basic 6.0（SP6）为平台编写。


在EST数据库建立过程中，DNA测序后，一般要对DNA序列进行处理，首先要转换为通用格式——FASTA格式，基因注释分析，根据同源性比较信息如得分值（score值）、一致性百分率（identity，%）和e值（expect）等，推测查询序列属何种物种，及该序列上含有何种基因及其功能。在常规的GenBank中的Blastn进行同源分析时，如果查询序列是某种已知基因或同源基因的序列，在Blastn结果列表中，每一条这样的查询序列都会有大量的同源基因的信息。实际上，在每一条查询序列的同源性比较分析的信息结果中，有相当数量的信息项对注释结果的解释“意义不大”，因此，在处理这些信息项时，可以予以“剔除”，而将那些对查询序列注释结果的解释起关键作用的信息项如同源基因所属物种的名称、基因名称和索引号、同源性参数（得分值，一致性百分率，e值）和基因功能等予以提取保存。筛选出目标序列后要将目标序列从总序列库中提取出来。

我们在进行玉米 EST的测序和注释过程中，利用Microsoft Visual Basic 6.0开发了大规模地将原始序列转换为FASTA格式，将Blast软件分析结果中大量的基因注释项提取出来，将目标序列从序列库中提取出来等功能的软件——ESTtools。

注意：该序列所处理的数据文件均为纯文本文档“*.txt”。

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