pknotsRG 1.3

pknotsRG is a tool for folding RNA secondary structures, including the class of simple recursive pseudoknots. The program runs in O(n^4) time and O(n^2) space, therefore its application here on the BiBiserv is limited to sequences of length up to 800 bases. The energy parameters for structures containing no pseudoknots are the same as in the actual mfold 3.1. The energy for pseudoknots is computed with a model similar to that used by Rivas&Eddy in pknots. The folding temperature is fixed to 37C.
Currently, there are three different modes available:

pknotsRG-mfe: computes the structure of s (knotted or not) of minimal free energy. 
pknotsRG-enf: enforces a pseudoknot: it delivers the energetically best complete structure of s that includes at least one pseudoknot somewhere. 
pknotsRG-loc: delivers the best local pseudoknot that can be element of any structure of s, where "best" is defined by free energy per nucleotide. The rest of s remains unfolded. 
预测RNA二级结构软件，包括pseudoknots（假扭结）结构。

·中生网广告不少，不过都很老实，如果你乐意，请支持本站一下，如果打扰到了你敬请绕过。

·本站提供的软件包含破解补丁及注册码均是由网上搜集，若无意中冒犯了你权利，请联系21doll@163.com，本站立即改正！

·任何涉及商业盈利目的均不得使用，否则产生的一切后果将由你自己承担。